会計ソフトの導入時に科目設定・部門設定が必要となります。どのようにするのがベストでしょうか？
まず科目設定についてです。
貸借対照表科目のうち債権債務（売掛金・買掛金・未収入金・未払金）などは、相手先別に分類しておきましょう。なぜなら、債権債務は「どの相手についていくら金額がある」が重要になるからです。
貸借対照表科目のうち、その他の物権をあらわす科目（固定資産・貯蔵品など）については、種類におうじた科目設定がよいとおもわれます。
損益計算書科目は、まずは消費税を意識した科目分けをおこなってください。たとえば国内売上（消費税課税売上）と輸出売上（消費税免税）、海外現地直送売上（不課税売上）が存在している会社では「国内売上」「輸出売上」「海外直送売上」などのように区分して消費税計算をしやすくしたほうがよいでしょう。経費のほうも同様に、旅費のうち海外のものが頻繁に発生する科目は「海外旅費（消費税不課税）」「国内旅費（消費税課税）」としたほうがいいです。
あとは部門分けについてですが、これは会社の活動実態にあわせて区分します。
たとえば工事と販売をおこなっている会社でしたら「工事部門」「販売部門」を設定、さらに管理部もあるでしょうから「管理部門」は最低限設定が必要です。
製造業の場合は「製造部門」「管理部門」のほかに、研究開発活動もありますので「研究開発部門」という３つの部門構成は必要でしょう。
